ک مستشار نظامی ایرانی و چند کارشناس آمریکایی سازمان ملل در نزدیکی سامرا طی دو عملیات تروریستی ربوده می‌شوند. گروهی از نخبگان ایرانی که روی پروژه هک سیستم موشکی آمریکا کار می‌کنند، از سرنخ های به دست آمده، متوجه جرقه‌های جنگ جدیدی در جهان می‌شوند که آمریکا برنامه‌ریزی کرده است. ایران و آمریکا وارد یک تقابل موشکی می‌شوند؛ آمریکا به فرمانروایی شیطان و ایران تحت حمایت امامی مهربان که مدیریت جهان در دستان اوست. پویانمایی «فرمانروای آب» با داستانی ماجراجویانه و هیجان‌انگیز در قالب داستان جوانان نخبه ایرانی به خوبی مباحثی چون مهدویت، اسلام حقیقی، وفای به عهد، قدرت علمی و نظامی ایران و ماهیت دشمنان اسلام را نمایش می‌دهد.